Biologia Celular Óptica
Marcelo Martins
Calibrando o microscópio

Este artigo é a continuação do artigo de calculo de microscopia.

É um estudo de caso, e ainda não foi validado.

Calculo de área de microscopia
Através de uma lamina de calibração ou tambem chamada Régua deslizante de calibração, podemos medir os valores obtidos em pixels.

Para isso usaremos a medida da lamina de 0,01mm ou 100 micrometros.

Ao jogarmos em nosso microscópio, temos a seguinte imagem com apliação de 10x, conforme haviamos apresentado em nosso artigo anterior.

Essas medidas foram capturadas através do software Yais,, ficando conforme apontado abaixo:

Medidas horizontais:

  • 0,01 mm => 352 pixels
  • 0,001 mm =: 34pixels

Medidas verticais

  • 0,01 mm => 352 pixels
  • 0,001 mm => 37 pixels

Agora vem os calculos

Calculando FOV ou Campo de Visão do microscópio.

Para calcular o campo de visão o meu microscópio precisa ter duas coisas:

Ampliação e numero de campo.

O meu microscópio não tem o campo de visão, por este motivo, não consegui determinar com precisao ele, porem posso achar a relação de visão por pixel.

Para achar isso precisarei pegar esse través de visualização.

Como não foi informado, usarei a medida horizontal. Para calcular tenho o tamanho total em pixel.

Total = 1597px

Sabendo que 0,01 mm tem 352pixel , fazemos a regra de três e achamos a area total de visão.

\[ {tamanho01 \over dimensao01} = {tamanho02 \over dimensao02} \]
\[ {X \over 1597} = {0,01 \over 352 } \]

Agora aplicando as contas 352X = 1597* 0,01 => X = 15.97/352 => X = 0,0453mm

Desta forma temos a medida total (largura) de 0,0453mm

Agora vem o FOV

\[ FOV = { largura \over ampliação} \]
\[ FOV = { 0,0453\over 10} \]
\[ FOV = { 0,00453} \]

Determinar a resolução da câmera

A resolução diz a densidade da largura por pixel

\[ densidade{pixel} = {largura \over pixel} \]

Onde a largura é 0,0453mm

O Pixel é 1600×1200, desta forma a densidade horizontal é:

D = 0,0453 / 1600 => D = 0,0000283125mm /pixel

\[ densidade{horizontal} = { 0,0000283125mm /pixel} \]

Desta forma calculo de distancias, basta aplicar o nro de pixel, multiplicado por esse valor.

\[ Distancia{horizontal} = {pixel * d} \]

Desta forma se houver 352 pixel a distancia é aproximadamente 0,009966 ou 0,01 mm aproximadamente.

Como a resolução horizontal é diferente da vertical temos densidades diferentes.

O densidade vertical = 0,0453/1200 ; onde temos

\[ densidade{Vertical} = { 0,00003775mm /pixel} \]

Desta forma é possivel medir objetos.

Conclusão

Agora ficou simples medir distancias no microscópio, basta contar os pixels e calcular as distancias relativas.

Próximo artigo

No próximo artigo, mostrarei a implementação destes calculos em python.

Com uso da lib opencv e a respectiva medida de valores de tamanho.

Referências

Outra referencia que me ajudou a montar esse trabalho:

https://www.olympus-lifescience.com/pt/microscope-resource/primer/anatomy/oculars/

https://port.lamscience.com/how-calculate-field-view-microscope

Biologia Celular Hemacias Hematologia IA Microscopia OPENCV
Marcelo Martins , , ,
Projeto contagem de Hemácias

Este trabalho, esta sendo baseado, no treinamento realizado por mim, e adaptado, através do curso que estou fazendo:

https://www.udemy.com/course/deteccao-de-objetos-com-python-e-opencv/

Segue explicação em vídeo:

Este projeto é uma continuação do trabalho colocado no github:

https://github.com/marcelomaurin/hemacias

No programa teste03.py, apresento como capturar a imagem e fiz alguns tratamentos de fundo, usando opencv.

Neste artigo, irei preparar imagens para gerar o reconhecimento da hemácia.

Para tanto fiz a captura da hemácia, através da microscopia. Utilizando um microscópio com lente de ampliação de 20x, com uma câmera USB de 2Mb pixels.

Pegando a figura abaixo:

Irei tratar a imagem abaixo, para tentar reconhecer e contar as hemácias.

Para tanto o primeiro trabalho, é trabalhar com a imagem, fazendo duas etapas:

Retirar fundo da imagem da hemácia, e incluí-la em um banco de imagens de fundo.

Neste artigo, irei tratar cada uma destas atividades.

Retirar o Fundo da Imagem

Agora que tenho a imagem, usarei o site

https://www.remove.bg/

Para retirar o fundo da imagem. O procedimento é bem simples, faz-se o upload da imagem já recortada, para o site, e lá retira-se o fundo, com o auxilio de ferramentas do próprio site.

O site é bem intuitivo e pode ser usado livremente.

Ao final criamos a imagem sem o fundo, que iremos utilizar.

Criando imagem Positiva

A imagem positiva é a imagem que deve possuir a hemácia.

Neste primeiro momento eu preciso de uma base de imagens.

Para isso preciso baixar um grande volume de imagens para gerar tanto imagens positivas como negativas.

Eu peguei as imagem recortada, com os fundos apresentados no aplicativo, e fui recortando montando um banco de imagens coloridos.

Imagens de Teste

Para as imagens de teste, eu peguei imagens de internet e recortei.

Conforme apresentado a baixo:

Para ter sucesso, precisarei refazer esse teste, com pelo menos uma dúzia de hemácias, produzindo pelo menos 1000 imagens.

Este trabalho é longo e demorará vários dias.

Trabalhando com as imagens

No próximo artigo iremos processar a imagens de treino, criando uma base real de treinamento.

Biologia Celular microbiologia Microscopia Python
Marcelo Martins ,
Microscopia – Humana

Ovary

Ovário

Ovário é o órgão onde são produzidos os gametas femininos (células sexuais) tanto nos animais como nas plantas (os seres vivos com órgãos diferenciados), formado por uma região medular rica em vasos e a cortical, onde se localizam os folículos. Eles têm a forma de amêndoa, medindo até 5 cm em seu maior diâmetro e possui uma espessura máxima de 1,5 centímetros.

Sua região medular contém numerosos vasos sanguíneos e regular quantidade de tecido conjuntivo frouxo, e a cortical, onde predominam os folículos ovarianos, contendo os ovócitos. O ovário começa a se desenvolver ainda na barriga da mãe.

Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Ov%C3%A1rio

Microscopia

Ampliação 5x

Ampliação 10x

Ampliação 40x

Biologia Celular microbiologia Microscopia
Marcelo Martins ,
Microscopia humana

Pancreas

Pâncreaas

O pâncreas é uma glândula de aproximadamente 15 cm de extensão fazendo parte do sistema digestivo e endócrino dos seres humanos que se localiza atrás do estômago e entre o duodeno e o baço. Ele é tanto exócrino (secretando suco pancreático, que contém enzimas digestivas) quanto endócrino (produzindo muitos hormônios importantes, como insulina, glucagon, somatostatina e amilina). Divide-se em cabeça, corpo e cauda. O pâncreas é um órgão produtor de enzimas, proteínas que aumentam a rapidez das transformações químicas.

Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/P%C3%A2ncreas

Microscopia

Ampliação 40x

Ampliação 10x

Ampliação 5x

Biologia Celular microbiologia Microscopia
Marcelo Martins ,
Microscopia – Fotos

Stem of cotton X.S.

Caule de algodão X.S.

O algodoeiro é o nome vulgar dado a várias espécies do género botânico Gossypium L., da família Malvaceae. Existem cerca de 40 espécies, arbustivas, nativas das regiões subtropicais e tropicais, algumas das quais são utilizadas para a produção da fibra têxtil conhecida como algodão.

Em estado selvagem, os arbustos do algodoeiro conseguem atingir até 7 m de altura. As folhas são grandes, com três, cinco (ou mesmo sete) lobos. As sementes estão contidas numa cápsula, estando cada uma envolvida numa fibra felpuda designada pelo vocábulo inglês lint (plural: linters). As espécies mais utilizadas para fins comerciais são G. hirsutum (Estados Unidos e Austrália), G. arboreum e G. herbaceum (Ásia), e G. barbadense (Egipto). Os linters são, geralmente brancos, mas existem também variedades com cor castanha ou verde que, para não contaminarem geneticamente a variedade branca, têm a sua plantação banida junto às grandes produções de algodão.

Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Algodoeiro

Microscopia

Ampliação 40x

Ampliação 10x

Ampliação 5x

Biologia Celular microbiologia
Marcelo Martins
Microscopia – Fotos

Epidermis Onion

Epiderme de cebola

Cebola é o nome popular da planta cujo nome científico é Allium cepa. Em sistemas taxonómicos mais antigos, pertencia à família das Liliáceas e subfamília das alioídeas – taxonomistas mais recentes incluem-na na família das Amaryllidaceae. O termo refere-se, também ao seu bolbo (bulbo, no Brasil) constituído por folhas escamiformes, em camadas. As suas flores estão dispostas em umbela. As plantas jovens, com o bulbo pouco desenvolvido e sem flor, são chamadas também de cebolo.[1][2]

Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Cebola

Microscopia

Ampliação 40x

Ampliação 10x

Ampliação de 5x

Biologia Celular microbiologia Sistemas Biomedicos
Marcelo Martins
Amostras de tecido vindos da china

Neste post, vou mostrar a captura de amostras vindas da china.

Figura 01 – Sangue humano – capturada

Referência:

Vídeo de referência mostrando o mesmo tipo de células.

Esofago

Referência:

https://myloview.com.br/fotomural-submucosa-do-esofago-tecido-conjuntivo-no-7379C17

Pele

Tecido do estomago

Íleo

Olho

Referência:

https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Large_tileable_plane_of_compound_eyes_under_electron_microscope.jpg

Biologia Celular microbiologia
Marcelo Martins
Fotos de experimento micro-biológicos

Neste experimento, coletei material da boca, e deixei alguns dias em uma placa.

Após esse período, fiz diversas fotos da placa.

Para fotografias, utilizei um microscópio de amplialção 40x por 25x na ocular.

Com câmera de 2 mega pixels acoplada ao microscópio.

Próximo passo será coletar as informações sobre o que pode ser.

Biologia Celular
Marcelo Martins
Introdução à microbiologia
  • 1665 – Robert Hooke – 1ª Observação de uma célula
  • 1683 – Antonio Van Leeuwenhoek – Micro-organismo vivo (animáculos)
  • 1745 – Fortalecimento da Geração Espontânea por John Needham
  • 1858 – Rudolf Vichow – Biogênese – Toda célula se origina de outra pré existente.
  • 1857 a 1914 – Idade ouro da microbiologia
  • 1861 – Lois Pasteur derruba a teoria da geração espontanea
  • 1860 – Cirurgia Asséptica
  • 1876 – Robert Koch – Postulado de Koch: micro-organismos são capazes de causarem doenças
  • 1880 – Louis Pasteur – Vacina – Imunidade
  • 1882 – Robert Koch – Mycobacterium tuberculosis

Vírus

capsídeo – proteina que guarda o material genético

virus envelopado -> leva um pedaço da membrana do hospedeiro.

Celulas procarióticas

Nao tem carioteca – envoltório do nucleo.

Aula prática

Biologia Celular Sem categoria Sistemas Biomedicos
Marcelo Martins
Composição da matéria viva

Ions e molécula inorganicas

  • Sais minerais (exemplos: Na+, K+, Cl+, Mg2+ Fe2+ , Zn2+, etc)
  • Agua

Moléculas orgânicas (possuem carbono)

Formadas principalmente pelos elementos CHON

De acordo com sua estrutura e composição quimica são classificadas como:

  • Lípidios
  • Proteinas
  • Carboidratos
  • Ácidos nucleicos

Estrutura e propriedades da água

É a substancia mais abundante na Terra e pode ser encontrada nos estados físicos solido, líquido e gasoso.

Sua molécula é formada por dois atomos de hidrogénio ligados a um átomo de oxigénio.

Hidrofílicas -> Se mistura com agua

Hidrofóbicas -> Nao se mistura com agua, ex gordura.

Anfipáticas ou anfílicas -> Lipídios de membrana. ambas as propriedades hidro.

Macromoleculas

  • lípidos – , acidos graxos, triacilglicerois ou triglicerídeos, Fosfolipídios

Classificação dos carboidratos

Monossacarídeos – uma molécula de carboidrato

Oligossacarídheos – Poucos monossacarídeos

Políssacarídeos – Muitos sacarrídeos.

Monossacarídeos – Glicose e frutose, galactose.

Monossacarídeos – Dissacarídeos.

Proteínas – são formadores das estruturas das celulas.

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